该技术可以从蛋白质混合物中检出目标蛋白质；定量或定性确定细胞或组织中蛋白质的表达情况；用于蛋白质-蛋白质、蛋白质-DNA、蛋白质-RNA相互作用后续分析。原理：Western免疫印迹（ Western Blot ）是将蛋白质转移到膜上，然后利用抗体进行检测的方法。对已知表达蛋白，可用相应抗体作为一抗进行检测，对新基因的表达产物，可通过融合部分的抗体检测。与Southern或Northern杂交方法类似，但Western Blot采用的是聚丙烯酰胺凝胶电泳，被检测物是蛋白质，“探针”是抗体，“显色”用标记的二抗。
新药研发是一个漫长过程。如果鉴定出一个新活性物质的靶向目标，例如，一种在疾病中发挥关键作用的特殊蛋白质，那么能够与这一目标结合的活性分子将会被研发。制药公司会在其收集的化学物质中进行撒网式的寻找，以发现能够与目标蛋白质相互作用的底物。然而，这些复合物常常只是一个漫长调整和测试过程的起始点。化学家使用计算机模拟技术来设计新的分子，以获得具有理想性能的创新性复合物。然而，副作用常常会出现在活性物质被合成和测试后，最糟糕的情况是副作用仅在临床试验中出现。苏黎世理工学院的研究人员研发了一个新的模拟软件，可以预测活性药剂的特性并构建新药物。该软件的搜索过程以蚂蚁的行为作为模型。新软件旨在尽可能早地发现问题，从而合成最具前途的活性药剂。
真核细胞内大多数蛋白质降解过程的调控是通过泛素-蛋白酶体通路(UPP)进行的.该过程分为两个步骤:①蛋白质的泛素化:一个或多个泛素分子通过共价键连接在目标蛋白质上;②多泛素化的蛋白质被26S蛋白酶体降解成寡肽.26S蛋白酶体是一个多亚单位的蛋白酶复合体,它可分为一个19S具有调节功能的调节颗粒和一个20S具有蛋白酶体催化活性的核心颗粒.
