本研究旨在探索不同基因区的使用对HIV-1B'亚型毒株系统进化分析结果的影响.首先利用既往研究中已发表的共计47条来自泰国,缅甸和中国多个地区不同传播途径的B’毒株近全长基因组序列,将其按基因区分为不同的数据集(gag,pol,vif,vpr,vpu,eni,nef),并分别进行系统进化分析研究.比较不同基因区系统进化分析的结果发现.B’亚型毒株pol基因在分析的基因区中,具有最低的复杂度和进化速率,可以较好的区分B'TH和B’YN毒株,重复近全长基因组序列的分析结果；尽管env基因则具有最高的复杂度和进化速率,但无法获得类似结果.本研究比较了不同基因区对HIV-1 B’亚型毒株系统进化分析结果的影响,对进一步开展HIV分子流行病学调查,分析我国B'毒株在我国的传播奠定了基础.

目的 对在深圳发现的一例gag和env基因片段亚型不一致的HIV感染者样本进行近全长基因组扩增和序列分析,以了解其重组特征并分析可能的来源.方法 利用近末端稀释法分两段扩增病毒近全长基因组并测定序列,使用SimPlot 3.5软件分析全长基因组序列中的重组断点,并采用分片段构建进化树的方法确认重组断点.对长度超过300 bp的片段与相应亚型的全部近全长基因组序列构建进化树,分析亲本毒株可能的来源.结果 经扩增测序获得1条长度为8 975 bp的HIV-1近全长基因组序列.断点分析结果表明该序列由CRF01_AE和CRF07_BC重组两成,重组断点相应于HXB2的位置分别为1 185、1 817、8 782、9043和9216,其中片段Ⅰ、Ⅲ、Ⅴ来源于CRF01_AE毒株,片段Ⅱ、Ⅳ、Ⅵ来源于CRF07_BC毒株.亲本毒株来源分析表明,与片段Ⅱ成簇的CRF07_BC序列主要来自北方男男同性传播人群,Bootstrap值为74％,片段Ⅲ与CRF01_AE的簇5病毒成簇,其中多数序列来自北方男男同性传播人群,Bootstrap值为100％.结论 本文获得了一株CRF01_AE和CRF07_BC重组形成的独特型重组病毒,其亲本病毒与我国北方男男同性恋人群流行的毒株同源,有可能来源于深圳本地性传播人群中流行的病毒.