本刊于1953年5月创刊，是古生物学及其相关的生物地层学综合性学术刊物，由中国古生物学会主办，中国科学院南京地质古生物研究所承办，主编是国际上著名的古植物学家李星学院士，编委会由著名的古生物学家组成，其中院士4名，外籍专家3名。《古生物学报》主要刊载古生物学及其相关学科的原创性研究论文、报道古生物学动态和学术讨论，介绍古生物学研究的新技术、新方法的应用，以及对国内、外重要古生物论著的简介和评述等。近年来，以最先和多次刊载有关“澄江动物群”、“凯里动物群”等重要论著而被国内外重要期刊和专著广为引用。多次获得中国科学院、华东地区优秀期刊奖，连续三次被评为江苏省十佳期刊，并被多家权威机构确定为核心期刊。                

               《微体古生物学报》于1984年9月创刊。它属中央级全国性综合性学术刊物，由科学出版社出版，中国科学院南京地质古生物研究所主办，主编是我国著名的古生物学家穆西南研究员，现任中国古生物学会理事长和中科院南京地质古生物所开放实验室主任。该刊是亚洲地区唯一的一份在微体古生物学方面的学术刊物，在国内、外享有良好的声誉，它主要刊登蜓、非蜓有孔虫、介形类、牙形类、轮藻、沟鞭藻、硅藻、放射虫等有关微体古生物学的最新研究成果，国内外学术研究动态，有关新技术、新方法的应用以及新书简介，学术活动简讯等，每篇论文均有英文摘要或全英文加中文提要。